数码世界原是由三只天使管治的，可惜其中一只天使基路比兽叛变起来，令数码世界失去平衡，陷入危机。在弟弟的生日会中，闷得发呆的神原拓也在手提电话收到一个讯息，叫他到火车站；在火车途中与上源辉二，不知应可从去向的拓也就追着辉二，最后到了一个神秘的月台。神秘月台上有数架火车，上了火车的还有织本泉、柴山纯平和冰见友树在火车上，他们各人的手提电话竟变成了武装暴龙机，而那架火车原来是一只数码精灵。当他们到达数码世界，就遇上了求助的问答兽和多加兽，正逃避沙路比兽。拓也取得了火之战魂，并将自己武装进化成火神兽，击退沙路比兽。这次被选中的小孩，都各自拥有自己的属性，拓也的是代表火，辉二是光，泉是风，纯平是雷，友树是冰，他们都各自进化成代表这些属性的十斗士数码精灵，回复数码世界的平衡。其后故事中段，辉二再次遇上木村辉一，辉一与辉二是两兄弟，但由于父亲再婚而分隔，辉一也是十斗士之一，所代表的属性是暗。三天使之一的神圣天使兽也被消灭，而变回数码蛋，敷出来的巴达兽就除一同上路。而再后期基路比兽已回复正常，可惜出现了更厉害的敌人，拓也和辉二亦不断进化，去解决数码世界被毁灭的危机...